L'élevage de vache laitière (principalement de race Montbéliarde) est prédominant dans cette région. La production de lait est essentiellement utilisée pour la fabrication de fromage, tel que le Comté, le Mont d'Or ou le Morbier.
La Communauté de Communes dénombrait 95 exploitations agricoles en 2010, qui se répartissent de manière relativement homogène sur l'ensemble de son territoire (une dizaine d'exploitations par commune, seule la commune de Boujailles recense plus de 15 exploitations).
Cette activité façonne les paysages du Haut-Doubs et est une composante importante de l'économie. L'agriculture représente 2,3% de la population (12% des actifs) et 28,5% des établissements (données INSEE 2012-2013). De nombreuses fromageries sont dénombrées sur le territoire. La plus grande d'entre elle est la fromagerie des Monts de Joux.
36 Rue Laurent Trouttet 25560 Bannans
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2 Rue de Bellevue 25560 Frasne
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Du lundi au samedi : 8h30-12h/17h-19h30
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4 Rue du Chalet 25560 Bouverans
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Du lundi au samedi : 7h-12h/17h30-19h30
Le dimanche : 7h-12h/18h-19h30
2 Rue du Crêt 25560 Boujailles
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Du Lundi au samedi : 9h-12h/14h-18h
1 Rue du Bourg 25560 La Rivière Drugeon
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1 Rue de Cuvier 25560 Courvières
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